ครั้งหนึ่งเมื่อนานมาแล้วได้มีเทพเจ้าองค์หนึ่งมีนามว่า 'อิซานางิ' หรือที่รู้จักกันในนามเทพแห่งท้องฟ้าและแสงสว่าง ผู้คนเชื่อกันว่าเขาเป็นผู้สร้างโลก แต่ไม่มีใครรู้ว่าอิซานางิได้ให้กำเนิดบุตรชายสองคนผู้ที่จะทำหน้าที่สืบทอดต่อจากเขา บุตรชายคนแรก 'อามาเทราสึ' เจ้าแห่งดวงอาทิตย์ ตามมาด้วยบุตรคนที่สอง 'สึคิโยมิ' เจ้าแห่งดวงจันทร์ โลกนินจาดำเนินไปอย่างสงบสุข จนวันหนึ่งก็บังเกิด 'ฮาชิมัน' เทพแห่งสงครามเข้ามายั่วยุให้พี่น้องทั้งสองเกิดการทะเลาะกัน ความรุนแรงทวีผลมากขึ้นเรื่อยๆจนทำให้เกิดภัยพิบัติมากมายแก่โลกนินจา เป็นผลให้อิซานางิผู้เป็นพ่อต้องลงมาจัดการเรื่องนี้ ด้วยการแบ่งโลกนี้ออกเป็นสองมิติ จึงเป็นที่มาของ 'โลกคู่ขนาน' โดยแบ่งคัมภีร์ออกเป็นสองส่วนคือ คัมภีร์ขาว ถูกเก็บไว้ที่อามาเทราสึ ส่วน คัมภีร์ดำ ถูกเก็บไว้ที่สึคิโยมิ โลกทั้งสองจะดำเนินไปอย่างสงบสุขเว้นแต่มีใครบางคนประสงค์ร้ายคิดที่จะครอบครองคัมภีร์ดำใ...